Jérémy Tornos soutient brillamment sa thèse sur l’utilisation des autovaccins pour la conservation des albatros

Jeremy a rejoint le Campus Ceva Biovac en avril 2018, dans le cadre de sa thèse.

Jérémy a travaillé pendant 3 années sur un sujet tout particulièrement passionnant, les albatros de l’île d’Amsterdam dans l’océan Indien. La thèse était inscrite dans le dispositif CIFRE, qui a permis une convention de recherche partenariale entre le CEFE/CNRS et le Ceva Biovac Campus. Cette thèse intitulée « Approches intégrées en écologie de la conservation des oiseaux marins : cas de l’utilisation d’autovaccins pour la conservation des albatros sur l’île Amsterdam », a débouché sur d’excellents résultats. Les travaux ont concerné la bactérie Pasteurella multocida, responsable d’épisodes récurrents de choléra aviaire sur l’île depuis plusieurs années.

Parmi les principaux résultats obtenus :

• La caractérisation des souches circulantes de Pasteurella multocida : 2 souches génétiquement différentes
• Une nouvelle formulation huileuse d’autovaccin : induit une persistance des anticorps chez l’adulte pendant au moins 3 ans
• La protection du poussin – dont l’âge de vaccination est un facteur clef de survie

Jérémy va maintenant poursuivre ses travaux au CEFE/CNRS, toujours avec le soutien de Ceva.

Comment se sont organisées ces 3 années de thèse ?

Le projet se partage entre des périodes de terrain : (2 mois par an, qui correspondent à la période d’éclosion des poussins et à la présence des adultes, idéale pour le suivi et la mise en place de la vaccination), et des périodes d’analyse des résultats obtenus.

Comment se préparent les missions terrain ?

Chaque mission est gérée et coordonnée par l’Institut Polaire Français. Notre équipe du CEFE organise et planifie la science. La première étape consiste à obtenir le financement du projet, ainsi que les autorisations spécifiques de prélèvements et de manipulations des espèces protégées sur lesquelles nous travaillons. Évidemment, la préparation rigoureuse du matériel est également une étape essentielle en amont d’une telle mission.

Le Covid a-t-il eu un impact sur la mission ?

Le contexte Covid a imposé de nouvelles règles. Il est primordial de ne pas contaminer ces îles, encore vierge de la Covid 19. Les soins sur place étant très restreints, des tests médicaux poussés sont réalisés pour chaque personne afin de valider le départ, car le matériel sur place ne permet pas de gérer une épidémie locale. Lors du départ en octobre 2020, j’ai dû respecter un confinement strict de 14 jours en chambre d’hôtel sur l’île de la Réunion, avec test PCR tous les 5 jours, avant de pouvoir embarquer sur le bateau.

Rallier l’île Amsterdam, tout un périple ?

Depuis l’île de la Réunion, il faut compter 15 à 20 jours de bateau pour rejoindre l’île Amsterdam. D’abord, il faut rejoindre l’archipel Crozet en 5 jours. L’escale dure 3 jours durant lesquels le personnel est débarqué, ainsi que du ravitaillement de vivres et matériels, nécessaires à la base pour plusieurs mois. Nous y réalisons également des prélèvements pour des programmes scientifiques et de surveillance sanitaire. Ensuite, il faut rallier les îles Kerguelen en 3 jours.

L’escale dure 5 jours, durant lesquels nous menons également des programmes scientifiques. Et enfin, il faut 3 jours supplémentaires pour atteindre l’île Amsterdam. J’y serai débarqué pour environ un mois ainsi que la personne qui réalisera le suivi des missions scientifiques toute l’année et qui y restera pour une durée de 13 mois : nous appelons ça un “hivernage”. Pour le retour vers l’île de la Réunion, il faut compter 5 jours.

Comment se passe la vie sur place ?

L’île Amsterdam abrite une base scientifique avec une vingtaine de personnes présentes pour un an, plus quelques personnes, comme moi, qui viennent pour une durée courte en été.

En plus de la base, un refuge est présent de l’autre côté de l’île, à 8h de marche, près des colonies d’oiseaux. Le refuge étant difficile d’accès, nous y restons entre plusieurs jours et plusieurs semaines.

En quoi consiste le travail au refuge ?

Nous accédons à notre colonie d’étude tous les jours, à environ 20 minutes de marche du refuge, au milieu d’une falaise.

Le travail de fond consiste à réaliser le suivi des poussins d’albatros à bec jaune inclus dans l’étude (environ 250), contrôler la survie et réaliser des captures lorsque nécessaire. Les captures permettent de prélever du sang afin d’assurer un suivi sérologique (présence d’anticorps) sur des lots de poussins vaccinés ainsi que des lots de poussins témoins non vaccinés, et également de réaliser des écouvillons afin de tester par PCR la prévalence du pathogène dans la population et connaître l’état infectieux des individus.

Une partie du travail est consacrée à la recherche de cadavres afin de réaliser des autopsies, pour identifier les causes de mortalité, et identifier les potentielles souches différentes du pathogène qui circulent. Cela permet aussi de surveiller l’émergence de nouveaux pathogènes, afin de mettre à jour le vaccin si nécessaire, et comprendre les mécanismes en jeu dans ces épidémies récurrentes.

Beaucoup d’autres travaux entrent dans le projet, comme un suivi des rats, qui jouent un rôle très certain dans la circulation des pathogènes. De même des travaux sont réalisés sur du suivi télémétrique (suivi de déplacement à l’aide de GPS) de plusieurs espèces d’oiseaux afin de décrire et éventuellement anticiper la circulation des pathogènes au sein des populations animales de l’île.

Une partie du travail consiste enfin à préparer et conditionner les échantillons prélevés au cours de la journée (mise en culture des échantillons bactériens, centrifugation du sang…). Un point important est de s’assurer de ne pas être nous même vecteur de pathogènes entre animaux, d’où l’utilisation de matériel que nous désinfectons après chaque manipulation d’oiseaux, tout comme nos tenues.

Quels sont tes prochains projets à l’issue de la thèse ?

Mon objectif est de pouvoir continuer en tant qu’ingénieur de recherche dans l’équipe du CNRS, avec laquelle je travaille actuellement afin de suivre ces projets.